CFSE 广泛用于细胞追踪和细胞增殖研究。它还可用于 CTL 测定和细胞运动研究。CFSE 很容易穿过完整的细胞膜。进入细胞后，细胞内酯酶会切割乙酸酯基团，产生发荧光的羧基荧光素分子。琥珀酰亚胺酯基团与伯胺反应，将该染料交联至细胞内蛋白上。可通过 CFSE 荧光强度的序列减半情况测定细胞分裂。采用 CFSE 标记的细胞经过固定和透化，可供进行细胞内目标物分析，所用试剂为标准的含甲醛固定剂和基于皂苷的透化缓冲液，例如 Foxp3 转录因子染色缓冲液套件（货号 00-5523）或 IC 固定缓冲液（货00-8222）和透化缓冲液 (10X)（货号 00-8333）。

CFSE 的分子量为 557.47。切割乙酸酯基团后，它的激发峰值为 494 nm，发射峰值为 521 nm。每样品瓶 CFSE 可使用 90µL 无水 DMSO 复溶为浓度为 10 mM 的储备液；复溶后，应在 6 个月内使用，并与干燥剂一起在 -20°C 避光储存；避免冻融。

已报告应用
流式细胞术分析、显微镜检查